update repo

CodeR/02_Compute_angles_cone.r

@@ -25,8 +25,10 @@ library("stringr")
 library("VoxR")
 library("data.table")
 
-load("/home/nibio/REPOS/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
+## load("/home/nibio/REPOS/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
 ## load("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
+load("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
+
 
 ## this function scale points coordinate
 ## between 0 and (max-min) values
@@ -66,9 +68,6 @@ dist3d2 <- function(xa, ya, za, xb, yb, zb) {
 DataR <- paste0("/home/nibio/REPOS/holger_tower_pov/DataR")
 ## DataR <- paste0("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR")
 
-
-
-
 ## plot data - full path
 DataPaths <- list.files(DataR,
                         ## pattern = "plot_",

CodeR/03_Compute_angles_cone.r

@@ -16,7 +16,6 @@ library("data.table")
 ## DataR <- paste0("/home/nibio/REPOS/holger_tower_pov/DataR")
 ## DataR <- paste0("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR")
 DataR <- paste0("/home/nica/Documents/Holger_tower_pov/DataR")
-
 CodeR <- paste0("/home/nica/Documents/Holger_tower_pov/CodeR")
 
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@ -37,8 +36,7 @@ Data <- read.las(DataPaths)
 Data[, 1:3]
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
 
-
-## Data <- Data[sample(1:nrow(Data), nrow(Data)*0.10), ]
+Data <- Data[sample(1:nrow(Data), nrow(Data)*0.20), ]
 Data[, X := Scale(Data$X)]
 Data[, Y := Scale(Data$Y)]
 Data[, Z := Scale(Data$Z)]
@@ -52,14 +50,10 @@ pan3d(3)
 
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
 ## Create an artificial tower. Just the corners
-## CornA <- data.table(X = 3, Y = 3, Z = 40)
+CornA <- data.table(X = 3, Y = 3, Z = 40)
 ## CornA <- Data[identify3d(Data, n = 1), ]
 spheres3d(CornA, radius = 1, col = "yellow")
 
-
-
-
-
 ## Left click on a ground point in the point cloud
 ## Right click  to scape
 ## CornB <- Data[identify3d(Data, n = 1), ]
@@ -85,16 +79,13 @@ Data[, H := dist3d2(X, Y, Z,
 Data[, Angle := CO/H]
 Data[, Angle := (asin(Angle))*180/pi]
 
-plot3d(Data[Angle > 28, ], aspect = "iso", size = 0.5, col = "grey21")
+plot3d(Data[Angle > 10, ], aspect = "iso", size = 0.5, col = "grey21")
 spheres3d(CornA, radius = 1, col = "yellow")
 spheres3d(CornB, radius = 1, col = "red")
 plot3d(Data[Angle < 28, ], aspect = "iso", size = 0.5, col = "red", add = T)
 pan3d(3)
 
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
-## Select closest point by angle
-Data2 <- Data[Angle < 15, ]
-Data2[, min(H), by = Angle]