Merge branch 'main' of gitlab.nibio.no:nicsoattc/helge_tower_pov

CodeR/01_Compute_angles_square.r

@@ -8,8 +8,8 @@ library("VoxR")
 library("data.table")
 
 ## function to scale X, Y and Z
-## load("/home/nica/Documents/Helge_Tower_POV/DataR/pan3d.RData")
-load("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
+load("/home/nica/Documents/Holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
+## load("/home/pepito/Documents/holger_tower_pov/DataR/pan3d.RData")
 
 ## this function scale points coordinate
 ## between 0 and  (max-min) values
@@ -20,8 +20,14 @@ Scale <- function(Vector){
 
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
 ## plot data - full path
-DataPaths <- list.files(paste0("/home/pepito/Documents",
-                               "/holger_tower_pov/DataR"),
+## DataPaths <- list.files(paste0("/home/pepito/Documents",
+##                                "/holger_tower_pov/DataR"),
+##                         ## pattern = "plot_",
+##                         pattern = "Plot_",
+##                         full.names = T)
+
+DataPaths <- list.files(paste0("/home/nica/Documents",
+                               "/Holger_tower_pov/DataR/"),
                         ## pattern = "plot_",
                         pattern = "Plot_",
                         full.names = T)
@@ -29,8 +35,8 @@ DataPaths <- list.files(paste0("/home/pepito/Documents",
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
 ## Scale the data to imrpove visualization
 Data <- read.las(DataPaths)
-## Data <- Data[sample(1:nrow(Data), nrow(Data)*0.20), ]
-Data <- Data[Classification %in% c(3, 4, 5), ]
+Data <- Data[sample(1:nrow(Data), nrow(Data)*0.50), ]
+## Data <- Data[Classification %in% c(3, 4, 5), ]
 
 Data[, X := Scale(Data$X)]
 Data[, Y := Scale(Data$Y)]
@@ -90,8 +96,7 @@ Data2 <- rbind(Data3, Data2[angle_x %inrange% list(270.1, 359.9), ])
 rm(Data3)
 gc()
 
-## plot3d(Data2, aspect = "iso", size = 0.2,
-##        col= "grey21")
+## plot3d(Data2, aspect = "iso", size = 0.2, col= "grey21")
 ## spheres3d(c(0, 0, 40), radius = 1, col = "yellow")
 
 ## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
@@ -107,9 +112,9 @@ Data2[, angle_x := VoxR::axis_angle(Data2, axis = "X",
 
 
 ## FOV
-VerticalOpen <- 28
+VerticalOpen <- 23
 ## VerticalOpen <- 10
-OrizontalOpen <- 40
+OrizontalOpen <- 23
 
 ## 
 VertcalAngle <- 50