From 5de80af82dc0e18f8637646905dd1704253fdec1 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: nicsoattc <nicolas.cattaneo@nibio.no>
Date: Tue, 29 Aug 2023 13:16:00 +0200
Subject: [PATCH] update repo
---
.gitignore | 1 +
CodeR/01_test_data_structure.r | 96 +++++++++++++++++++++++++++++++++
CodeR/01_test_data_structure.r~ | 55 +++++++++++++++++++
3 files changed, 152 insertions(+)
create mode 100755 .gitignore
create mode 100644 CodeR/01_test_data_structure.r
create mode 100644 CodeR/01_test_data_structure.r~
diff --git a/.gitignore b/.gitignore
new file mode 100755
index 0000000..10ad24d
--- /dev/null
+++ b/.gitignore
@@ -0,0 +1 @@
+/DataR/
diff --git a/CodeR/01_test_data_structure.r b/CodeR/01_test_data_structure.r
new file mode 100644
index 0000000..2e9986b
--- /dev/null
+++ b/CodeR/01_test_data_structure.r
@@ -0,0 +1,96 @@
+rm(list=ls())
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+library("rlas")
+library("rgl")
+library("stringr")
+library("VoxR")
+library("data.table")
+
+## function to scale X, Y and Z
+getwd()
+
+load("/home/nica/Documents/Helge_Tower_POV/DataR/pan3d.RData")
+objects()
+
+## this function scale points coordinate
+## between 0 and (max-min) values
+Scale <- function(Vector){
+ ((Vector - min(Vector))/
+ (max(Vector)-min(Vector)))*
+ (max(Vector)-min(Vector))}
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## plot data - full path
+DataPaths <- list.files("/home/nica/Documents/Helge_Tower_POV/DataR",
+ pattern = "plot_",
+ full.names = T)
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## Scale the data to imrpove visualization
+Data <- read.las(DataPaths)
+gc()
+
+Data[, X := Scale(Data$X)]
+Data[, Y := Scale(Data$Y)]
+Data[, Z := Scale(Data$Z)]
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## center the data around 0
+Data[, X := X-mean(X)]
+Data[, Y := Y-mean(Y)]
+
+plot3d(Data, aspect = "iso", size = 0.2)
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## Create an satificial tower. Just the corners
+CornA <- data.table(X = 1, Y = 1, Z = 40)
+CornB <- data.table(X = 1, Y = -1, Z = 40)
+CornC <- data.table(X = -1, Y = 1, Z = 40)
+CornD <- data.table(X = -1, Y = -1, Z = 40)
+
+spheres3d(CornA, radius = 0.3, col = "yellow")
+spheres3d(CornB, radius = 0.3, col = "blue")
+spheres3d(CornC, radius = 0.3, col = "red")
+spheres3d(CornD, radius = 0.3, col = "green")
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## center the data around cornerX
+Data2 <- copy(Data)
+Data2[, X := X - CornA$X]
+Data2[, Y := Y - CornA$Y]
+
+CornA2 <- copy(CornA)
+CornA2[, X := X - CornA$X]
+CornA2[, Y := Y - CornA$Y]
+
+plot3d(Data2, aspect = "iso", size = 0.2, col= "red")
+spheres3d(c(0, 0, 40), radius = 0.3, col = "yellow")
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## compute angles on the plane.
+## It should be from >180 dgrees to <90 dgrees.
+
+## you must voxelize the point cloud first.
+Data2 <- vox(Data2, 0.02)
+plot3d(Data2, aspect = "iso", size = 0.2, col= "red")
+spheres3d(c(0, 0, 40), radius = 0.3, col = "yellow")
+
+## Data2[, npts := NULL]
+## Data2[, angle_x := VoxR::axis_angle(Data2, axis = "X",
+## project = "xy")]
+
+plot3d(Data2[angle_x %inrange% list(0, 180), ], aspect = "iso", size = 0.7,
+ col= "black", add = T)
+plot3d(Data2[angle_x %inrange% list(270.1, 359.9), ], aspect = "iso", size = 0.7,
+ col= "black", add = T)
+
+
+
+spheres3d(c(0, 0, 40), radius = 0.3, col = "yellow")
+
+summary(Data2$angle_x)
+
+spheres3d(c(0, 0, 40), radius = 0.3, col = "yellow")
+
+
+
diff --git a/CodeR/01_test_data_structure.r~ b/CodeR/01_test_data_structure.r~
new file mode 100644
index 0000000..b27fbb1
--- /dev/null
+++ b/CodeR/01_test_data_structure.r~
@@ -0,0 +1,55 @@
+rm(list=ls())
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+library("rlas")
+library("rgl")
+library("stringr")
+library("VoxR")
+library("data.table")
+
+## function to scale X, Y and Z
+getwd()
+
+load("/home/nica/Documents/Helge_Tower_POV/DataR/pan3d.RData")
+objects()
+
+## this function scale points coordinate
+## between 0 and (max-min) values
+Scale <- function(Vector){
+ ((Vector - min(Vector))/
+ (max(Vector)-min(Vector)))*
+ (max(Vector)-min(Vector))}
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## plot data - full path
+DataPaths <- list.files("/home/nica/Documents/Helge_Tower_POV/DataR",
+ pattern = "plot_",
+ full.names = T)
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## Scale the data to imrpove visualization
+Data <- read.las(DataPaths)
+gc()
+
+Data[, X := Scale(Data$X)]
+Data[, Y := Scale(Data$Y)]
+Data[, Z := Scale(Data$Z)]
+
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## center the data around 0
+Data[, X := X-mean(X)]
+Data[, Y := Y-mean(Y)]
+
+## plot3d(Data, aspect = "iso", size = 0.2)
+## @@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
+## Create an satificial tower. Just the corners
+CornA <- data.table(X = 2, Y = 2, Z = 40)
+CornB <- data.table(X = 2, Y = -2, Z = 40)
+CornC <- data.table(X = -2, Y = 2, Z = 40)
+CornD <- data.table(X = -2, Y = -2, Z = 40)
+
+spheres3d(CornA, radius = 0.3, col = "yellow")
+spheres3d(CornB, radius = 0.3, col = "yellow")
+spheres3d(CornC, radius = 0.3, col = "yellow")
+spheres3d(CornD, radius = 0.3, col = "yellow")
+
--
GitLab