diff --git a/README.md b/README.md index 66495b93567fdea7572ad2ca2ae93921d082f217..3e834cb8b9f0d97eb6d3663f433183e8c339be16 100644 --- a/README.md +++ b/README.md @@ -38,7 +38,14 @@ Modellen kan kjøres både med og uten lokale kalibreringer. Modellen er utvikla av NIBIO med finansiering fra Landbruks- og matdepartementet, Avgiftsfondet, Jordbruksavtalepartene, Tine, Felleskjøpet fôrutvikling, Animalia, Yara og Addcon Nordic. -Kontaktperson Kontakperson i NIBIO er [Anne Kjersti Bakken](https://nibio.no/ansatte/anne-kjersti-bakken), [Divisjon for matproduksjon og samfunn](https://nibio.no/om-nibio/vare-fagdivisjoner/divisjon-for-matproduksjon-og-samfunn) . + +## Teknisk informasjon + +Modellen bruker lineær optimering, og avhenger av matematikkpakken [Apache Commons Math](https://commons.apache.org/proper/commons-math/), versjon 1.2 +Denne versjonen er fra 2003, og Commons Math har gjennomgått mange, store endringer siden det. Dessverre har ikke classpath for de nyere versjonene endret +seg, og siden versjon 2.2 er en avhengiget for [Renjin](https://www.renjin.org/) (som brukes for å kjøre modeller implementert i R), får vi avhengighetsforvirring i VIPSCore. +Derfor har vi kompilert vår egen versjon av Commons Math v2, hvor pakkene er gitt nye navn (`org.apache.commons.math` -> `org.apache.commons.math12`). +Denne ligger tilgjengelig i NIBIOs GitLab. diff --git a/pom.xml b/pom.xml index 5246d4976c81a59914aaaa180c56f575e8de97cb..e6307d94df2b19e26e48753c42a0247227a1fc09 100755 --- a/pom.xml +++ b/pom.xml @@ -20,10 +20,9 @@ <version>2.0.1</version> </dependency> <dependency> - <groupId>commons-math</groupId> + <groupId>no.nibio.vips.apache</groupId> <artifactId>commons-math</artifactId> <version>1.2</version> - <type>jar</type> </dependency> <dependency> <groupId>junit</groupId> diff --git a/src/main/java/no/bioforsk/vips/model/roughagenutritionmodel/RoughageNutritionModelImpl.java b/src/main/java/no/bioforsk/vips/model/roughagenutritionmodel/RoughageNutritionModelImpl.java index 8f18501b13e0707fdd3b00cbf39ceed5ce1fe93b..54247691c7c80f2ae3a4ea5007fe226b3e6e7aa9 100755 --- a/src/main/java/no/bioforsk/vips/model/roughagenutritionmodel/RoughageNutritionModelImpl.java +++ b/src/main/java/no/bioforsk/vips/model/roughagenutritionmodel/RoughageNutritionModelImpl.java @@ -39,16 +39,16 @@ import no.nibio.vips.model.ModelExcecutionException; import no.nibio.vips.util.WeatherUtil; // Using Commons math and Nelder-Mead for parameter optimization -import org.apache.commons.math.ConvergenceException; -import org.apache.commons.math.optimization.ConvergenceChecker; -import org.apache.commons.math.optimization.CostException; -import org.apache.commons.math.optimization.CostFunction; -import org.apache.commons.math.optimization.NelderMead; -import org.apache.commons.math.optimization.PointCostPair; +import org.apache.commons.math12.ConvergenceException; +import org.apache.commons.math12.optimization.ConvergenceChecker; +import org.apache.commons.math12.optimization.CostException; +import org.apache.commons.math12.optimization.CostFunction; +import org.apache.commons.math12.optimization.NelderMead; +import org.apache.commons.math12.optimization.PointCostPair; import org.slf4j.LoggerFactory; /** - * @copyright 2018 <a href="http://www.nibio.no/">NIBIO</a> + * @copyright 2023 <a href="http://www.nibio.no/">NIBIO</a> * @author Tor-Einar Skog <tor-einar.skog@nibio.no> */ public class RoughageNutritionModelImpl implements CostFunction { @@ -1952,7 +1952,7 @@ public class RoughageNutritionModelImpl implements CostFunction { * * @param arg0 * @return - * @throws org.apache.commons.math.optimization.CostException + * @throws org.apache.commons.math12.optimization.CostException */ @Override public double cost(double[] parametre) throws CostException {